Kerugian dari tinta pewarna adalah tidak tahan air, dan karena molekul pewarna terurai dengan cepat di bawah radiasi ultraviolet, jelas akan memudar dalam waktu satu bulan setelah digunakan di luar ruangan di bawah radiasi ultraviolet.
Kerugiannya adalah sebagian besar tinta pigmen akan menyebabkan sisa bahan warna di permukaan. Oleh karena itu, bahkan mencetak pada kertas glossy dan kertas lain dengan permukaan datar tidak dapat mencetak gambar glossy, itulah sebabnya benda yang dicetak dengan tinta pigmen umumnya tidak memiliki kilau. Selain itu, biaya pembuatan tinta pigmen lebih tinggi, sehingga harga jualnya juga lebih tinggi daripada tinta pewarna, dan perbedaan harganya lebih dari dua hingga empat kali lipat.
